Upalne bolesti crijeva (engl. inflammatory bowel disease – IBD) karakterizirane su kroničnim tijekom s relapsima čija se etiologija povezuje s abnormalnim upalnim odgovorom. Disbioza, karakterizirana promijenjenim sastavom komensalnih (neopasnih) bakterija pojedinca u usporedbi sa zdravim kontrolama, može imati ulogu u nastanku Crohnove bolesti (CB) i ulceroznog kolitisa (UC), dva podtipa IBD-a. U novije vrijeme povećava se zanimanje za tu teroriju nastanka IBD-a, a posljedično time i liječenjem disbioze transplantacijom fekalne mikrobiote (FMT).