Bakterija Helicobacter pylori (H. pylori) naseljava različite dijelove želuca i dvanaesnika čovjeka, gdje uzrokuje upalu koja je povezana s pojavom većine želučanih tegoba, uključujući i zloćudne promjene na želucu. Više od 50% cjelokupne populacije ljudi nosi ovu bakteriju, ali se u oko 80% osoba zaraženih ne pojavljuju nikakvi simptomi. U ostalih se razvija gastritis i čir na želucu, a u manjem broju i tumor želuca. Liječenje je prijeko potrebno. H. pylori je gram-negativan bacil. Dijeli se sporo. Prestaje se dijeliti pri pH 3,5 što je neobično važno za sastavljanje protokola liječenja. S obzirom na to da postoji cijeli niz različitih sojeva H. pylori, za ishod infekcije važno je kojim je sojem osoba inficirana. Za klinički ishod zaraze uzrokovane bakterijom H. pylori ključni su proteini CagA, VacA i PAI tipa 4 sekretorni sustav, koji se nalaze u PAI-slijedu genoma. Za eradikaciju bakterije primjenjuju se različiti protokoli kombiniranoga liječenja, ali niti jedan nije zadovoljavajući. Zasad ne postoji učinkovita i sigurna vakcina protiv H. pylori, kao niti bilo koji drugi protokol liječenja.